Ewolucja

Wedle Smith i współpracowników (2005) oraz wcześniejszych prac Caroll (1988) czy Homana (1998) ostatni przodek europejskich rzekotkowatych, wśród których Smith et al. wyróżniają 5 gatunków, żył co najmniej 10 milionów lat temu, dokładniej w zakresie 10-23 miliony lat temu, co oznacza miocen dolny. Naukowcy przedstawili analizę Bayesa badań dwóch genów DNA mitochondrialnego (12S, ND1) oraz dwóch genów jądrowych (POMC, c-myc). Najmniej od rzekotki drzewnej różniła się Hyla savignyi (szacowany cały rozdział linii wynosi mniej, niż 10 milionów lat temu), w następnej dopiero kolejności rzekotka śródziemnomorska (około 20 milionów lat temu). Jeszcze wcześniej oddzieliła się linia prowadząca do Hyla annectans i Hyla chinensis, było to mniej niż 25 milionów lat temu.
Badania genetyczne opublikowane przez Stöcka i współpracowniów w 2008 wykazały stopień pokrewieńswa pomiędzy gatunkami. Z badań mitochondrialnego DNA wynika, że najbliźsi krewni rzekotki drzewnej zaliczają się do kladu tworzonego przez Hyla intermedia (stanowiąca grupę siostrzaną kladu złożonego z pozostałych wymienionych) Hyla sarda, Hyla orientalis, Hyla gumilevskii, Hyla molleri. Inny rezultat dało badanie z użyciem genu RAG1 (politomia wielu gatunków). Naukowcy sądzą, że rozdzielenie się rzekotki drzewnej,Hyla orientalis, Hyla molleri, Hyla intermedia i Hyla sarda nastąpiło pod koniec kryzysu messyńskiego, po zatopieniu licznych regionów, co spowodowało rozdzielenie populacji. Wydarzyło się to około 5,3 miliona lat temu. Dawniej upatrywano przyczyn rozdzielenia się rzekotek drzewnej i śródziemnomorskiej w zlodowaceniu. Badania te wykazują istnienie kladu złożonego z rzekotek drzewnych zamieszkujących Grecję, w tym Kretę, i Chorwację. Autorzy wyjaśniają to starym polimorfizmem genetycznym sięgającym wstecz plejstocenu, gdy rzekotki ostały się na Bałkanach. Uważają też, że jedna z linii prezentująca jeden z wariantów mtDNA rozprzestrzeniła się później