Wymiary

Rzekotka drzewna dorasta do 5 cm długości, choć nieraz podaje się 3-4, do 5,2 czy 4–6 cm.W Portugalii średnia odległość pysk-kloaka wyniosła 37,7 mm, mieszcząc się w zakresie od 35 do 40 mm. W Szwajcarii przystępujące do rozrodu osobniki mierzą 34,9 mm u samców oraz 36,4 mm u samic. Wedle badań greckich średnia odległość od pyska do kloaki wynosi 39,5 mm u samców (mieszcząc się w zakresie 32,2-45,8 mm) oraz 43,7 mm u samic (zakres 32,6-47,9 mm). Wyniki niemieckie, bazujące na pomiarach wykonywanych w okolicach Monachium, wskazują na większe rozmiary płazów, średnie wynoszą odpowiednio 43,2 oraz 44,5 mm. Korelacji długości ciała z szerokością geograficzną nie zauważa się.
Masa ciała wykazuje różnice w zależności od płci. Lżejsze samce ważą przeciętnie 8-9 g, cięższe od nich samice osiągają natomiast średnio 11 g, mogą jednak ważyć nawet 15 g. W Portugalii masa przystępujących do godów zwierząt wyniosła średnio 4,41 g, wahając się od 3,6 do 5,6 g. Czyni to rzekotkę niewielkim płazem, jednym z najmniejszych lądowych przedstawicieli tej gromady żyjących w Europie Zachodniej. Rozmiarami przewyższa ją choćby jej krewna rzekotka śródziemnomorska. Podczas trwającego dwa lata badania zawsze na przekroju paliczka w drugim roku znajdywano jeden spoczynkowy słój więcej, niż w poprzednim. Wskazuje to na roczny cykl wzrostu paliczków i potwierdza, że badanie kośćca stanowi najlepszą metodę oceny wieku płaza, podczas gdy poleganie na rozmiarach ciała nie jest wiarygodne. Dowiedziono w ten sposób, że rozmiary ciała korelują z wiekiem u osobników obu płci, jednak z wiekiem tempo wzrostu spada. Samce dwuletnie są mniejsze od liczących sobie przynajmniej trzy lata, trzyletnie zaś od co najmniej czteroletnich. Jednak te liczące 4, 5 lub 6 lat nie różnią się już znacząco. W przypadku samic już te trzyletnie nie wykazują znaczących statystycznie różnic ze starszymi. Z drugiej strony zaobserwowano, że jednoroczne samce z jednego roku mogą przewyższać wielkością dwuletnie samce z innego roku. Średni wiek i rozmiary samic są większe, niż u samców. Zależność pomiędzy wiekiem a rozmiarami ciała w przypadku rzekotki drzewnej przypomina te spotykane u innych bezogonowych.
Budowę ciała tego zwierzęcia określa się jako kształtną, wydłużoną. Skóra różni się w dotyku w zależności od regionu ciała. Podczas gdy na grzbiecie sprawia wrażenie gładkiej, delikatnej, lśniącej, na brzuchu i bokach ciała jest już chropowata. Sprawia wrażenie błyszczącej, nie licząc osobników niedługo po opuszczeniu kryjówek zimowych. Płaz wykazuje zmienność ubarwienia. Jego kolor zależy od pory roku, podłoża i wilgotności. Na grzbiecie przyjmuje zazwyczaj barwę zieloną, rzadziej spotyka się osobniki od ubarwionych jasnożółto do bardzo ciemnych: brązowe, oliwkowozielone, ochrowe, czarniawe, a nawet niebieskie. Zaobserwowano, że osobnik barwy intensywnie zielonej może w krótkim czasie stać się żółtawy, szary czy brązowawy. Donosi się też o rzekotkach niemal czarnych czy niebieskich. Po bokach ciała biegnie ciemna smuga rozpoczynająca się w okolicy nozdrzy, kończąca w biodrach, przebiegająca przez oko i błonę bębenkową wytwarzająca ponad udami ciemną, dużą zatokę zwaną zatoką biodrową, dobrze widoczną w spoczynku. Odgrywa ona rolę w doborze płciowym. Stanowi ona cechę odróżniającą H. arborea od blisko spokrewnionego gatunku rzekotki śródziemnomorskiej. Brzuszna strona ciała przyjmuje kolor żółtawy, białawy czy białawoszary z zaznaczonym delikatnym groszkowaniem. Ubarwienie ma charakter maskujący, siedząca na liściach czy gałązkach roślin rzekotka staje się prawie niewidoczna.
Wyróżniają się osobniki młode. W sierpniu i wrześniu, gdy usadawiają się wysoko na roślinności, barwi je opalizująca jasna zieleń, często współistniejąca ze złotawym połyskiem.
Rzekotka drzewna potrafi dostosować swe ubarwienie do koloru podłoża, zwłaszcza do jasności, w mniejszym stopniu innych parametrów jego barwy. Zdolnością tą i tak przewyższa swą krewną rzekotkę zieloną (choć w przeciwieństwie do niej nie osiąga barwy oliwkowożółtej). Zmiany ubarwienia warunkowane są strukturalnymi modyfikacjami chromatoforów. Płaz rozjaśnia swą szarą skórę poprzez agregację melanosomów. Podczas ciemnienia skóry odnotowano rozpraszanie się melanosomów melanoforów, otaczających irydofory, a częściowo także ksantofory. Te ostatnie również modyfikują swój kształt: z soczewkowatego na płytkowaty. Również one mogą migrować w głębsze warstwy skóry, a nawet ustawiać się poniżej irydoforów. Skóra przybiera wtedy barwę szarą. Zmiana koloru z zieleni na szarość nie odbywa się bezpośrednio, ale poprzez ciemną zieleń, oliwkową zieleń i w końcu ciemną szarość. W zależności od zmiany barwy irydofory zmieniają kształt z kubkowatego na stożkowaty czy cylindryczny dzięki mniej regularnemu rozłożeniu płytek, gdy staje się ona ciemniejsza, w skórze szarej przypominają zaś piłki z koncentrycznym, warstwowym rozkładem płytek. Odnotowano, że zmiany irydoforów i ksantoforów przebiegają równolegle, melanoforów zaś niezależnie od nich. Istnienie osobników niebieskich warunkuje nieobecność barwwnika żółtego.
W porze godowej samiec demonstruje różnorodnie ubarwiony nieparzysty worek rezonansowy. Kiedy nie jest rozdęty, widać na prawie całym podgardlu żółtobrązowy obszar, nieobecny u samicy. Narząd ten zawdzięczaj swe kolory karotenoidom. Barwniki te stanowią dla organizmu drogocenne substancje, dostarczane wraz z pożywieniem. Biorą udział choćby w obronie przed patogenami. Możliwość użycia ich jako sygnału płciowego stanowi więc oznakę dobrej kondycji samca.
U H. arborea arborea obserwowano skórne gruczoły surowicze produkujące jad merokrynowo, poprzez egzocytozę, podczas gdy w przypadku tego typu płazich gruczołach obserwowano wydzielanie holokrynowe. Pojawiają się one u kijanki na etapie kończyn tylnych, później drobne krople jadu skupiają się w większe, różnorodne. U osobników młodocianych pojedyncze porcje jadu trafiają do wąskiego światła gruczołu leżącego pod wstawkami, u dorosłych znaleziono tylko duże struktury złożone z mniejszych ziaren, tworzące powtarzający się wzór. Jad wyprodukowany został z udziałem siateczki śródplazmantycznej szorstkiej i aparatu Golgiego.
Od rzekotki śródziemnomorskiej rzekotkę drzewną odróżnia się po ciemnym pasie biegnącym aż do bioder, u H. meridionalis kończącym się u nasady ramienia (u osobników młodych mogą przechodzić na boki tułowia). Dodatkowo rzekotki śródziemnomorskie są nieco większe i często cechują się jaśniejszą zielenią grzbietu. Samce mają też podłużny fałd na worku rezonansowym, niespotykany u rzekotki drzewnej, na skutek którego rechot staje się głębszy i wolniejszy. Zapobiega to też krzyżowaniu się obu gatunków.